現在の各種設定ファイル(インポート・エクスポートファイル)はサクラエディタ独自形式ですが、これを昨今の流行のXML形式にしてみてはどうでしょうか。
WindowsならMSXML.DLLを使えばよいですが、Win95-Vistaまでの対応となると厳しそう。 MSに依存しない版として http://xmlsoft.org/ もあるようです。