新規作成ファイルのデフォルトの保存先は,サクラエディタを起動したショートカットの作業フォルダで指定します.
sakura 2.0.6.0から、[共通設定]-[編集]-「ファイルダイアログの初期位置」でも、保存先を選べるようになりました。