『右端で折り返す』設定で、一行の表示文字数を超えて次の行へまたがるような表示状態で改行を行うと、[EOF]のマークが消えてしまいます。 何行目であるかは関係なく、見えない[EOF]マークもその行に何かを入力すれば表示されるようです。